中華人民共和國農業(yè)部農產品質量安全監(jiān)督管理局的主要職責包括起草農產品質量安全監(jiān)管方面的法律法規(guī)，制定相關發(fā)展戰(zhàn)略、規(guī)劃和計劃，以及組織實施。該局通過風險評估、技術性貿易措施建議、宣傳培訓，推動農產品質量安全技術研究推廣。

該局負責牽頭農業(yè)標準化工作，制定農業(yè)標準化發(fā)展規(guī)劃、計劃，進行績效評價，并制定或擬訂農產品質量安全及相關農業(yè)生產資料國家標準，監(jiān)督實施農業(yè)行業(yè)標準。該局還負責農產品質量安全監(jiān)測、監(jiān)督抽查，對可能危及農產品質量的農業(yè)生產資料進行監(jiān)督抽查，并進行質量安全狀況預警分析和信息發(fā)布。

此外，該局指導農業(yè)檢驗檢測體系建設和機構考核，負責農產品質量安全檢驗檢測機構建設和管理，以及部級質檢機構的審查認可和日常管理。該局還指導農業(yè)質量體系認證管理，負責無公害農產品、綠色食品和有機農產品管理工作，實施認證和質量監(jiān)督，負責農產品地理標志審批登記并監(jiān)督管理。

該局還指導建立農產品質量安全追溯體系，指導實施農產品包裝標識和市場準入管理。該局組織農產品質量安全執(zhí)法，負責農產品質量安全突發(fā)事件應急處置，整頓和規(guī)范農資市場秩序，組織開展打假工作，督辦重大案件的查處，并指導農業(yè)信用體系建設。該局編制農產品質量安全領域基本建設規(guī)劃，提出項目安排建議并組織實施，編制本領域財政專項規(guī)劃，提出部門預算和專項轉移支付安排建議并組織或指導實施。該局還提出本領域科研、技術推廣項目建議，承擔重大科研、推廣項目的遴選及組織實施工作。該局開展農產品質量安全國際交流與合作，指導歸口管理的事業(yè)單位和社團組織的業(yè)務工作，并承辦部領導交辦的其他工作。